無菌室一般設置在微生物實驗室內，又稱為無菌實驗室，是與外界隔離的獨立小房間，用板材和玻璃建造。以無菌環境和無菌材料為支持，在保持無菌狀態下，才能對某種特定的已知微生物進行研究。所以控菌能力和控菌穩定性是無菌室的核心驗收指標。
二級及三級無菌室在微生物實驗室中比較常見，無菌室包含準備區、緩沖區、無菌室，建造標準需要符合中華人民共和國衛生行業標準:WS233-2002《微生物和生物醫學實驗室生物安全通用準則》。
二級（P2）無菌室為萬級、局部百級，包含高、中、初效過濾系統，無菌室的大小，應按每個操作人員占用面積不少于3m2設置，符合目前世界通用的美國聯邦209E標準。更衣間及風淋室采用人體自動感應系統。